在湖南办理化妆品生产许可证时，应提交的质量体系文件主要包括以下几个方面，这些文件是证明企业具备完善的质量管理体系和风险控制能力的重要依据：

1. 质量手册：

   - 内容：质量手册是企业质量管理体系的纲领性文件，它系统地阐述了企业的质量方针、质量目标、组织结构、职责分配、质量管理体系的范围、程序文件的引用或描述等内容。

   - 目的：通过质量手册，可以清晰地了解企业的质量管理架构和运作方式。

2. 程序文件：

   - 内容：程序文件是质量手册的支撑性文件，它详细规定了企业各项质量管理活动的目的、范围、职责、工作流程、方法、使用的表单以及应达到的要求等。

   - 举例：人员管理程序、供应商遴选程序、物料管理程序、设施设备管理程序、生产过程及质量控制程序等。

   - 目的：企业的各项质量管理活动都有章可循、有据可查。

3. 作业指导书：

   - 内容：作业指导书是针对某一特定作业或过程而制定的详细操作步骤和要求，它指导操作人员如何正确、有效地完成工作任务。

   - 举例：生产设备操作规程、检验设备操作规程、产品检验作业指导书等。

   - 目的：保障生产过程的稳定性和产品质量的一致性。

4. 质量管理制度文件：

   - 内容：包括但不限于人员管理、供应商遴选、物料管理、生产过程及质量控制等各个方面的具体管理制度。

   - 目的：通过制度文件，明确各项管理活动的具体要求、流程、责任等，企业质量管理活动的规范性和有效性。

5. 自查及保障书：

   - 内容：企业应按照《化妆品生产许可检查要点》等相关规定，定期开展自查工作，并形成自查报告。同时，企业还需提供质量保障书，承诺其生产的化妆品符合国家相关法律法规和标准的要求。

   - 目的：通过自查和保障书，证明企业已经对其质量管理体系进行了全面的检查和评估，并具备保障化妆品质量安全的能力和承诺。

6. 其他相关文件：

   - 根据企业的实际情况和监管部门的要求，可能还需要提交其他与质量管理相关的文件，如产品配方表、产品全项目检验报告、产品执行标准等。

在准备这些质量体系文件时，企业应其内容的真实性、准确性和完整性，并按照相关部门的要求进行整理和归档。同时，企业还应定期对质量管理体系进行维护和更新，以适应市场和法规的变化。

请注意，以上信息仅供参考，具体要求和流程可能因地区和时间的不同而有所变化。因此，在申请前务必与当地相关部门进行确认，以申请材料的完整性和准确性。