三类医疗器械厂的净化工程具体施工周期会受到多种因素的影响，包括但不限于厂房规模、设计方案的复杂程度、所选材料的购买周期、施工队伍的程度以及是否遇到不可抗力等因素。一般来说，这类工程从规划设计到验收合格，大致可以分为几个阶段：

方案设计与审批：这个阶段需要与设计院或公司合作，完成初步设计、细化设计直至审批通过，大约需要1-2个月。

材料购买：选定供应商，订购特殊材料和设备，考虑到定制品制作和运输时间，此阶段耗时约1-3个月，视具体情况而定。

施工准备：现场清理、初期施工（比如土建改造），大约需要1个月左右。

主体施工：包括隔断安装、天花板吊顶、地面处理、管道铺设等，持续时间取决于项目大小，通常为2-4个月。

系统调试与测试：净化系统的安装、调试至完全运行，加上洁净室性能验证，预计1-2个月。

终验与交付：较后的清理工作、全面检测、整改（如有）、验收，此阶段约1个月。

因此，一个中型三类医疗器械厂的净化工程总工期大约为8-10个月，甚至更长，若遇特殊情况（如设计重大变更、节假日延误、极端天气等）还可能延长。为了工程质量和顺利进行，建议与的工程公司密切协作，合理规划，避免不必要的延误。此外，加强监督与沟通也是缩短工期、提升效率的关键。