在化妆品GMP车间的装修设计中，选择水平层流还是垂直层流系统主要取决于生产过程中对洁净室环境的具体要求。化妆品GMP车间通常要求有较高的洁净度，以防止产品污染，产品质量和安全。

垂直层流系统因其能够提供更加稳定和均匀的洁净环境，通常被认为更适合于要求极高洁净度的生产区域，如无菌生产区。它能够有效地减少垂直方向的污染传播，并且对工作人员和设备的干扰较小。

水平层流系统则适用于对洁净度要求较高但不如无菌生产区严格的区域。它能够较好地覆盖整个工作区域，减少死角，但可能会受到工作人员和设备的影响，导致局部区域的洁净度下降。

对于化妆品GMP车间而言，如果生产过程中涉及到易受污染的原料处理、无菌灌装等关键步骤，可能需要考虑使用垂直层流系统来更高的洁净度。然而，如果车间的主要生产活动是常规的化妆品制造，且对洁净度的要求不是极端严格，那么水平层流系统可能就足够满足需求，同时在成本上更为经济。

在做出决定之前，应进行详细的风险评估，考虑到生产过程中的所有关键因素，包括但不限于生产工艺、原料特性、产品类型以及预期的市场定位。此外，还应考虑到后期的维护和运营成本，以及如何员工的健康和安全。

选择哪种空气流动系统应基于对生产需求的全面理解和对成本效益的综合评估。在某些情况下，甚至可以考虑将两种系统结合使用，以适应不同区域和生产阶段的特殊要求。