办理仪器用塑料包装容器工具生产许可证，需要遵循一系列的步骤和要求。以下是一般性的指南，具体情况可能因地区而异，需要参照当地的具体规定和流程：

1. 了解相关法规和标准

熟悉国家和地方关于食品接触材料及制品的相关法律法规，如《中华人民共和国食品安全法》、《食品安全国家标准 食品接触材料及制品通用安全要求》（GB 4806系列）等。

2. 准备必要的企业资质

企业已经取得合法的营业执照，且经营范围包含拟生产的仪器用塑料包装容器工具。

3. 建立质量管理体系

根据ISO 9001或其他相关质量管理体系标准，建立企业的质量管理体系，认证。

4. 准备生产场所和设备

生产场所符合生产要求，包括但不限于卫生条件、生产环境、仓储条件等。

购置符合生产要求的设备，并保障设备的正常运行和维护。

5. 原材料和产品检验

使用的原材料符合食品安全标准，并能提供相应的合格证明。

建立产品检验规程，对产品进行出厂检验，产品质量符合标准要求。

6. 编制生产工艺文件

编制详细的生产工艺流程图、作业指导书、检验规程等技术文件。

7. 提交申请材料

按照当地市场监管部门的要求，准备并提交生产许可证申请材料，通常包括但不限于：

企业基本信息

生产场所和设备清单

质量管理体系文件

原材料供应商名单及合格证明

产品检验报告

生产工艺文件

其他相关证明材料

8. 接受现场审查

市场监管部门会对企业的生产现场进行实地审查，检查生产条件、管理体系、产品质量控制等方面是否符合要求。

9. 获得许可证

通过审查后，企业将获得生产许可证，方可正式开始生产和销售。

10. 持续监督

获得生产许可证后，企业仍需接受定期的监督检查，生产过程和产品质量持续符合标准要求。

在办理过程中，建议与当地的市场监管部门保持密切沟通，及时了解较新的政策和要求，申请材料的准确性和完整性。同时，也可以咨询的顾问或律师，以获取更为的指导和帮助。