在办理化妆品生产许可证时，应提交的体系文件是企业具备完善的质量管理体系和风险控制能力的重要步骤。这些体系文件主要包括以下几个方面：

1. 企业基本信息及资质证明

企业营业执照副本：提供有效的企业营业执照副本原件和复印件，以证明企业的合法经营资格。

法定代表人身份证明：提交法定代表人的身份证明文件复印件，如身份证复印件。

2. 生产场地及设施设备证明

生产场地证明：提供生产地址的租赁合同或产权证书原件和复印件，以证明生产场地的合法使用。

生产设备配置图及设备清单：包括设备的照片和详细说明，以评估企业的生产能力和设施设备的完备性。

3. 技术人员和检验人员资质证明

技术人员资质证明：提供技术人员的资格证书或培训合格证书复印件，证明其具备与化妆品生产相适应的知识和技能。

检验人员资质证明：提供检验人员的资格证书或培训合格证书复印件，证明其能够准确、可靠地进行化妆品检验工作。

4. 质量管理体系文件

质量手册：概述企业质量管理的总体框架、原则和目标。

程序文件：详细描述企业质量管理过程中的各项程序，如供应商遴选程序、物料管理程序、生产过程控制程序等。

作业指导书：针对特定岗位或操作环节制定的详细作业指导文件，员工按照规范进行操作。

质量安全责任人任命文件：明确质量安全责任人的职责和权限，质量管理体系的有效运行。

人员管理文件：包括员工培训计划、培训记录、人员资质审核等，员工具备必要的能力和素质。

供应商遴选和管理文件：明确供应商的选择标准、评估方法和管理要求，原料来源合法、质量可靠。

物料管理文件：包括进货查验记录、产品销售记录制度等，物料的可追溯性和质量稳定性。

生产过程及质量控制文件：包括生产工艺流程图、操作规程、质量控制标准等，生产过程符合规范要求，产品质量安全可控。

产品检验及留样制度：规定产品的检验方法、检验周期、留样要求等，产品符合相关标准和要求。

质量安全事故处置制度：明确质量安全事故的应急处理流程、报告程序和处置措施，在发生质量安全事故时能够及时、有效地应对。

5. 其他相关文件

化妆品配方及生产工艺流程图：提交申请产品的配方及生产工艺流程图，以证明产品的安全性和有效性。

原料供应商资质相关证书复印件：提供原料供应商的资质证书或相关证明文件复印件，原料来源合法、安全。

证明生产环境条件符合需求的检测报告：如生产用水卫生质量检测报告、生产车间和检验场所工作面混合照度的检测报告等，以评估企业的生产环境是否符合相关标准和要求。

请注意，以上文件仅为办理化妆品生产许可证所需的基本体系文件，具体要求可能会因地区和行业的不同而有所差异。因此，在准备申请材料时，建议企业先咨询当地药品监督管理部门或相关，以材料的完整性和准确性。同时，企业也需要按照要求提交真实、合法、有效的材料，并积极配合相关部门的审核和检查工作。